Tiene por objeto administrar y coordinar los recursos institucionales, destinados a otorgar prestaciones de salud a las personas privadas de libertad y al personal de la Institución, de conformidad a lo establecido en la Ley Orgánica de Gendarmería de Chile y en la normativa aplicable.

Sus tareas específicas son:
a) Coordinar con el Departamento de Reinserción Social en el Sistema Cerrado dependiente de la Subdirección Técnica, las acciones y programas de fomento, recuperación y rehabilitación de la salud de las personas privadas de libertad, así como, aquellas destinadas a prevenir los riesgos para su salud física y mental.
b) Coordinar, dentro del ámbito de su competencia, las acciones y prestaciones de salud otorgadas al personal de la Institución.
c) Coordinar y ejecutar las acciones y programas destinados al mejoramiento de ambientes laborales en el Servicio, así como también aquellas que tengan por objeto prevenir los riesgos de salud física y mental del personal de la Institución.
d) Organizar y coordinar el funcionamiento de los establecimientos de salud administrados por el Servicio.
e) Ejecutar las demás tareas que le sean encomendadas en el ámbito de su competencia.