La Subdirección Operativa es la encargada de implementar las políticas institucionales destinadas al fortalecimiento de la seguridad de los establecimientos penitenciarios del país.

Asume las siguientes funciones:
a) Asesorar, controlar y coordinar las acciones relativas a la seguridad penitenciaria y de los bienes y recursos que Gendarmería de Chile ha asignado a los distintos establecimientos penitenciarios del país.
b) Velar por el adecuado diseño, ejecución, desarrollo y control de los proyectos de seguridad electrónica, en los establecimientos penitenciarios.